尊敬的领导，您好！ 我单位按规定进行了土地增值税清算申报，在进行申报时，考虑到一些工程款已经取得了发票虽尚未支付，但我单位马上就要支付，对这些工程款我单位按规定进行了扣除，到目前为止，工程款已经支付。现在，主管税务机关委托中介机构对我单位进行申报审核，中介机构认为，我单位在进行申报时，工程款未支付，此次土地增值税清算不予扣除。我单位认为，现在还在土地增值税审核阶段，我单位工程款已经支付，且能提供支付款支付的有关证明，此工程款应予以扣除，我单位现在应该怎么做呢？